Βρίσκεται στην καρδιά της αρχαίας Βοττιαίας, η οποία μετά τη ρωμαϊκή κατάκτηση της Μακεδονίας, το 146 π.Χ., έγινε τμήμα της ρωμαϊκής επαρχίας της Μακεδονίας. Η ιστορία της ακολουθεί αυτήν του μακεδονικού χώρου, που αποτέλεσε μέρος της βυζαντινής και μετέπειτα της οθωμανικής αυτοκρατορίας, ενώ από το 1912-1913 του ελεύθερου Ελληνικού Κράτους.
Περιμετρικά της σημερινής πόλης έχουν εντοπιστεί αρχαιολογικές θέσεις από την αρχαιότητα έως τη βυζαντινή περίοδο, των οποίων η μελλοντική έρευνα θα εμπλουτίσει τις γνώσεις μας για τη διαχρονική κατοίκηση και την ιστορία της περιοχής. Περιμετρικά της σημερινής πόλης έχουν εντοπιστεί αρχαιολογικές θέσεις από την αρχαιότητα έως τη βυζαντινή περίοδο, η μελλοντική έρευνα των οποίων μπορεί να εμπλουτίσει τις γνώσεις μας για τη διαχρονική κατοίκηση και την ιστορία της περιοχής. Η Γουμένισσα δημιουργήθηκε περί τον 15ο αιώνα με τη συνένωση μικρών αγροκτηνοτροφικών οικισμών. Γνώρισε άνθηση τουλάχιστον από το τέλος του 17ου αιώνα και εξής και ιδιαίτερα στον 19ο αιώνα ως εμπορικό, βιοτεχνικό, γεωργικό και θρησκευτικό κέντρο. Στον Μακεδoνικό Αγώνα (1903-1908) έδρασαν στην περιοχή αξιόλογα σώματα ντόπιων οπλαρχηγών, όπως του Ιωάννη Παπαγεωργίου, των αδελφών Δογιάμα, του Ναούμη, του Σιωνίδη και του Καραϊσκάκη. Στις 23 Οκτωβρίου 1912, κατά τη διάρκεια του Α΄ Βαλκανικού Πολέμου, απελευθερώθηκε από τον Ελληνικό Στρατό και μαζί της και όλη η επαρχία της. Σήμερα είναι ιδιαίτερα γνωστή στο ευρύ κοινό για το εξαιρετικό κρασί της, με Προστατευόμενη Ονομασία Προέλευσης, καθώς και για την πλούσια μουσική της παράδοση, τα χάλκινα της Γουμένισσας.
